朱常淓以帝国基地军队为主体，又收服了没有对南明朝廷没有二心的黄得功，精心布置之下，以雷霆之势对江北四镇之一的刘良佐发动了合围攻击。
刘良佐所部毫无防备，被杀的节节败退，最终麾下士兵崩溃逃散而去。
刘良佐本人也被部将给擒杀，砍下了首级向朝廷作为投诚的见面礼。
其余溃兵也被黄得功收拢改编，刘良佐彻底灭亡。
江北四镇只剩下高杰还没有归顺朝廷，黄得功受到皇帝授意，以邀请赴宴的名义将高杰骗出军营，然后趁机绑缚。
同时派人将高杰手下人马趁机包围缴械，并且杀了多尔衮派来联络高杰的密使，并将人头给送了回去。
高杰无奈之下只能宣誓效忠皇帝，并且把自己的儿子交出来作为人质在南京城中读书，以表示投降的诚意。
在顺利解决了江北四镇之后，江北之地终于平静下来。
可是此时，在武昌的宁南侯左良玉在其子左梦庚的怂恿之下终于野心膨胀起来，打出了清君侧，诛杀马士英等奸臣的旗号，率领二十多万大军沿着长江向南京杀来。
一时间，朝廷动荡，百官震惊。刚刚才因为平定江北四镇带来的平静又再次被打破，百官惊惧惶恐，人心动乱，谣言四起。
而此时，从北方又传来了满清大军准备南下的消息，更是让这动乱的局面雪上加霜，一时之间天下又进入了风雨飘摇的局面。
在这危难之际，皇帝朱常淓果断决定御驾亲征，亲自率领拼凑起来的十万人马出了南京城，向九江开去。
水师总兵方国安也发誓效忠皇帝，带领水师在九江段江面上与左军相持，阻拦左军前进道路，导致左军进展缓慢。
皇帝率领的大军到达九江之后，便摆开阵势与左军的二十多万大军对峙起来。
朝廷大军虽然人数上处于劣势，但是却基本上都是精锐，尤其是作为核心战斗力的黑犀军更是强横无比。
双方大战三场，左军不但没有丝毫进展，反而损兵折将，士气大跌。
此时，左良玉因为心中郁结，导致旧疾发作，卧床不起，左军士气更是低落。
此时皇帝见时机成熟，又亲自到两军阵前施展攻心计，一方面怒斥左氏父子欺君罔上，以下犯上，罪不容恕。另一方面又大度的宽恕所有左军士兵，认为他们是被蒙骗，根本不明真相，所以朝廷不予追究。
左军军心更是大乱，谣言四起。左良玉麾下诸将也是心思各异，一时间暗流涌动，山雨欲来。
湖广总督袁继咸趁夜进入左军，面见左良玉。与左良玉深谈之后，左良玉羞愧不已，悔恨难当，第二日就发病身亡。
左良玉一死，左军群龙无首。左梦庚志大才疏，威望不足，大部分士兵都不愿意听他号令，逃跑着无数。
左良玉无奈之下，带着少部分人马准备撤回武昌，然后投降满清以求出路。
皇帝抓住机会，命令水师总兵方国安配合黑犀军主力和黄得功所部，三路夹击，左梦庚大败被杀，左军彻底失败。
左氏父子败亡之后，朝廷大军趁机攻占了武昌重镇，部署重病扼制长江中游。
平定江北四镇，以及御驾亲征击败左良玉父子，让皇帝朱常淓威望大涨，朝野之间称颂之声不绝于耳。
皇帝趁此机会，下令大力扩编新军，编练军队。
民间壮丁踊跃报名参军，各地富户乡绅也都纷纷捐款捐物，江南各地一片沸腾，朝廷威望逐步建立。
满清摄政王多尔衮此时并没有多余兵力南下江南，山西，山东两地的反清运动此起彼伏，让多尔衮焦头烂额。
而且，山西还有大量的大顺军，更是让满清朝廷忌惮不已。
山东各地民众自发组织起来，由各位乡绅带头组成义军，自己打造兵器，制造盔甲，旗帜，纷纷占领大顺军撤出后留下的福州县城。
满清排到山东的招抚特使也被义军驱逐，山东反清运动一时高涨。
在这种情况下，满清朝廷之中也出现了不同的声音，有人要求撤回关外，放弃京城，认为满清是无法与汉人抗衡的。
但是多尔衮固执己见，坚持认为满清有机会问鼎中原，一统江山，因此派遣其弟豫王铎铎带领一支人马进攻山东。
派遣其兄英亲王阿济格带领一支大军进攻山西，企图用武力稳定京畿两侧。
皇帝朱常淓审时度势，一面派人跟李自成联系，双方结盟，共同对抗满清。等到驱逐满清之后再决出天下归属。
李自成答应结盟，调集重病在山西与清军作战，将阿济格牵制在山西。
另一方面，皇帝则派出已经升为兵部侍郎的陈子龙为招抚大臣，赶赴山东招抚各路义军，授予各路义军首领官职头衔，使他们为朝廷所用。同时向山东和河南派出流官管理。
第二，则是派遣兵部尚书史可法在中原之地招抚收拢溃兵败将，重新占领大顺军留下的权力真空。
而且，朝廷还宣布免除以上地区的两年税赋，一时间两省百姓欢呼雷动，拥戴朝廷。
陈子龙带着收拢的各路义军，重新编组，由朝廷供给兵器甲胄以及粮草，与多铎带领的清军进行了多次战斗。
清军人少，又不熟悉地形，被义军折磨的焦头烂额，最终损失惨重，只好退出山东。
阿济格在山西也是损兵折将，节节败退。大顺军士气大振，趁势反击，清军不敌，只好退出山西。
大顺军忙着收服失地，南明朝廷也需要时间消化光复的山东河南等地，满清朝廷也要舔舐伤口，没有余力再次出兵，而且内部的争论分裂越来越严重，因此三方一时之间暂时维持了一个微妙的平衡状态。